志诺维思:阻击疫情 搭建病毒基因变异动态监测平台

黄嘉祥
2020-04-08 12:08:12
对于“战新冠”平台未来的规划,刘克胜表示,疫情之后,我们希望建立起一个新冠肺炎病毒的基因组序列数据库,将来提供给相关的科研服务,协助一些公共卫生管理和传染类疾病的相关项目。同时,我们计划把平台的功能进行扩展,未来建立一个关于传染类疾病的基因测序数据管理、分析的研究平台,让平台发挥更大的效率,创造更大的社会价值。

新冠肺炎疫情正冲击着世界各地。世界卫生组织认为,新冠肺炎疫情“已具有全球大流行特征”。

新冠肺炎疫情在全球蔓延之际,病毒是否发生变异也备受关注。最近,世界卫生组织呼吁全球共享病毒样本、数据并加快对药物和疫苗的研究,全球共享所有流感数据倡议组织(GISAID)正在帮助全球的研究者共享其新冠病毒的基因组数据。

217日,志诺维思(北京)基因科技有限公司(以下简称“志诺维思”)联合中国医师协会(CMDA)、国家基因组科学数据中心(NGDC)、国家基因库(CNGB)和国家科学评论杂志(NSR)等多家权威机构发起数据快速共享倡议。

在此倡议下,志诺维思开发了“战新冠–病毒基因变异动态监测平台”(以下简称“战新冠”平台),实时监测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的变异和分析其演化动态,并将实时分析结果免费向疾控中心、医疗机构、研究人员及公众开放,为精准防疫和诊治提供大数据支持。

220日,志诺维思首席运营官刘克胜在接受《创业圈》专访时表示,疫情发生以来,大家都在讨论疫情的演化,但对于病毒本身的演化方面的研究并不是特别多。志诺维思在生物信息分析方面处在国内比较领先的地位,“所以我们义不容辞参与进来,希望在这方面能为国家做一些事情。这也是我们的出发点,也会一直做下去”。


搭建“战新冠”平台

志诺维思成立于2015年,是一家聚焦新一代肿瘤精准诊疗,运用多模态人工智能技术解决临床信息结构化、分子检测精准化以及诊断决策智能化的医疗大数据公司,为医院和检验所提供先进的精准医学大数据解决方案。

疫情发生以来,志诺维思一直在思索如何加入到狙击疫情中去。

根据进化的基本原理,病毒感染人群后可能会发生变异,自然选择偏好高且传染力强的突变毒株将更加利于在人群中传播。而通过对病毒基因组序列的大数据分析,能够直观看到这些毒株的变异情况和进化规律。

刘克胜告诉《创业圈》,我们看到疾控中心、临床机构和科研机构在做新冠病毒基因组数据分析,也希望依靠自身的国际领先基因组大数据技术经验,为新冠病毒的研究和疫情防控贡献力量。

找到切入口之后,志诺维思从2月初便开始筹备,一方面与中国医师协会、国家基因组科学数据中心等机构沟通合作事宜,另一方面则搭建“战新冠”平台。

在短时间内搭建这样一个新平台并非易事。公司抽调组建了一个十几个人的团队,在十几天内加班加点从头开始搭建了“战新冠”平台。数据准确是“战新冠”平台的准则之一。

刘克胜强调,这是一个公共卫生事件,发布的所有内容都需要反复去核对,这需要我们非常谨慎,以保证所有的数据尽可能地准确。所以在平台建立、技术以及数据清洗方面,都花了很多的时间和精力。

从具体运转来看,“战新冠”平台由志诺维思设计开发并提供技术支撑。

国家基因组数据中心的“基因组仓库GWH”和国家基因库生命大数据平台的序列归档系统CNSA 提供数据提交入口。国家科技评论提供了数据提交后的快速发表的通道。该平台依托于志诺维思基因组大数据分析系统“智能基因云”和世界领先病毒分析技术Nextstrain实现,保障了分析结果的准确性。


为精准防疫和诊治提供大数据支持

“战新冠”平台落地之后,收到了来自全球不同国家、不同数据库的存量新冠病毒基因组序列的相关数据。

据志诺维思官网数据显示,截至317日,“战新冠”平台一共收集到来自世界各地的309条新冠病毒的全基因组序列,氨基酸改变的基因变异数目为198,病毒的氨基酸改变的基因变异率为0.00214%

“战新冠”平台通过对全球的存量新冠病毒基因组序列进行大数据分析,展示全球范围内新冠病毒基因组变异情况、变异毒株的地理分布,并可做到实时监测病毒变异和演化动态,为精准防疫和诊治提供大数据支持。

“战新冠”平台的意义主要有四个方面。一是协助各地区疾控中心与医疗机构随时了解当地以及其他地区病毒的变异情况、变异率及地域分布,针对不同的情况给出不同的防控措施,协助防疫安排与资源调配;二是促进医疗机构、科研机构快速共享数据,并帮助定位影响人群感染程度的基因变异;三是为大众提供透明准确病毒变异科学信息,降低大众对于未知流行病和病毒的恐慌;四是未来可帮助发现影响症状、预后和药物治疗效果不同的变异,促进新冠肺炎的新型精准诊断和精准治疗方法研发。

刘克胜告诉《创业圈》,“战新冠”平台落地以后,收到的反馈都不错,不断有机构主动联系公司,希望在新冠病毒基因数据分析上进行合作,帮助他们更好地处理和分析数据。

当下,新冠肺炎疫情“已具有全球大流行特征”。在狙击新冠肺炎疫情这场没有硝烟的战争中,志诺维思也会一直坚持下去。疫情期间,“战新冠”平台会一直保持运营,也会每日更新,以协助医疗机构进行诊断、筛查和治疗,以及运用数据做好防控管理工作。同时也希望提供一些权威的信息,让大众能够安心。

对于“战新冠”平台未来的规划,刘克胜表示,疫情之后,我们希望建立起一个新冠肺炎病毒的基因组序列数据库,将来提供给相关的科研服务,协助一些公共卫生管理和传染类疾病的相关项目。同时,我们计划把平台的功能进行扩展,未来建立一个关于传染类疾病的基因测序数据管理、分析的研究平台,让平台发挥更大的效率,创造更大的社会价值。

编辑/吴慧

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